Históricamente sirvió de apoyo a la fortaleza de Peñalcázar, cuando  disputaban – como toda la zona rayana con Aragón- aragoneses y castellanos.
Gaya Nuño hace referencia a la existencia de vestigios visigodos en Gómara.
En 1136 Gómara fue concedida al Obispo de Osma por el rey Alfonso VIII de Castilla. Perteneció al obispado hasta 1578 año en el que, siendo obispo don Alfonso Velázquez, el rey Felipe II la incorporó a la Corona, en virtud de bula del Papa Gregorio XIII, dada en Roma en 1574. Permaneció agregada a la corona hasta 1601, fecha en la que, con el título de Condado, fue otorgada por Felipe II a don Antonio López del Río, Alférez Mayor de Soria.

El hecho de pertenecer al obispado va a marcar la pauta de su historia durante siglos, pues por mediación de los obispos que sucesivamente irán ocupando esta diócesis les serán concedidos privilegios, exenciones y otras mercedes a los vecinos de Gómara.

Se conservan testimonios escritos de los Reales Privilegios; uno referente a la concesión de franquicia de portazgo a favor de los vecinos de Gómara para que pudiesen comerciar con sus mercancías por todo el país (excepto en las ciudades de Toledo, Sevilla y Murcia), sin tener que pagar tal impuesto; este Real Privilegio fue concedido en 1299 por Fernando IV de Castilla.
Conocemos también el privilegio concedido en el reinado de Sancho IV (1284 – 1295) que consistía en la celebración de un mercado franco los sábados de todas las semanas.
Se tiene también noticia de otro Real Privilegio concedido a la Villa de Gómara por Juan II de Castilla en 1447 por el cual se otorgó a sus moradores la explotación y aprovechamiento de la dehesa llamada La Mata.

Fue la Villa de Gómara propiedad de los antecesores del conde de Gómara, la familia Salcedo, a quienes se concedería el condado en 1692, en la persona de Luis de Salcedo y Arbizu, quien recibiría la parte de los impuestos que no iban a parar a las arcas reales, como el “agasajo de elecciones”, por el que percibía cada año un carnero y dos pares de capones. También cobraba el Conde de Gómara el impuesto llamado “la razón de pecho” que consistía en seis maravedíes de trigo y cebada por cada vecino.