Nació en Gómara el 2 de Febrero de 1512 y pasó allí su infancia y parte de su juventud.

Estudió en la Universidad de Alcalá de Henares  dónde se cree que se ordenó sacerdote y obtuvo la cátedra de retórica.

En 1531 partió a Roma con la corte del Papa, estuvo también en ciudades como Venecia y Bolonia donde ya hizo buenas relaciones con círculos italianos.

En Octubre de 1541 se unió a las tropas de España en Argel y de sus experiencias en ese país escribió las novelas Anales de Carlos V y De los hechos de los Barbarrojas ( la empezó a escribir y publicado en 1851)

Fue en Argel donde conoció al entonces capitán Hernán Cortés y maravillado por su valentía y su carácter, le siguió hasta Valladolid donde entró a su servicio como capellán pudiendo escuchar todo lo que decían los que pasaban por su casa.

Al año siguiente, en 1542 se trasladaron a Castilleja de la Cuesta y allí permanecieron hasta la muerte de Cortés  cinco años mas tarde en 1547.

La relación personal de Gómara con Hernán Cortés influyó a la hora de escribir sus textos; Francisco López nunca cruzó el Atlántico y la información que necesitó para escribir sus libros la obtuvo de textos ya publicados y de los soldados que estuvieron en casa de Cortés y que participaron en la conquista .

Gómara , consideraba que después de la creación del hombre por Dios, el descubrimiento del Nuevo Mundo, es el acontecimiento más grande de la historia.

Aunque no se conoce la fecha exacta de su muerte, es muy posible que fuera en 1564, puesto que en 1566 su sobrino Pedro Ruiz ya tenia todos los manuscritos en su poder.